水磨石由于其人工合成原因，决定了它会在所处的环境中发生病变和风化破坏，这是它的内因所致。另一方面，使用环境的变坏如酸雨、污染、潮湿等也是导致和加快水磨石出现各种问题和病变的主要原因。这些问题和病变的后果是严重的。从古代石质文物的自然风化破坏，到现今建筑石材出现的各种自然损坏和病变，造成的损失是巨大的。那么，如何对此进行有效的防范，最大限度的避免和控制这些损坏和病变的发生，就愈来愈显得重要。
水磨石防护产品使用要注意的几个方面：
打蜡曾普遍的被作为一种保护水磨石的方法。它多用在铺设的水磨石地面上。但它对水磨石的保护效果是有限的，耐候性差，防污效果也不理想，而且容易粘附灰尘。现今人们还发现打蜡还会对水磨石造成一些危害，因为它是作为一种不透气的封盖保护材料敷在水磨石表面，水磨石的细孔被封闭后内部和背后的湿气散发不出来，积存在水磨石内部时间久了致使石材发生病变。还有一种通常被人们涂在内墙面上的液体蜡水，这是一种膜性材料，其主要缺点是影响水磨石天然质感。
水晶渗硅渗透性防护产品的出现是水磨石防护产品开发和研究的一大进步，但是在我们国内的应用时间并不是很长。这种产品多是以溶剂或水为媒介，将一些有效的防水材料带人到水磨石内部，形成一道深深的防护屏障，将水和一些液体污染拒之门外。这种具有渗透性的防护产品，除不改变水磨石质感外，还保持了水磨石的透气性，其性能优越，科学合理。但由于采用材料的差异，一些产品在防水、防污、防油效果上会有所不同，但多数产品效果较好。